本文是学习GB-T 33526-2017 转基因植物产品数字PCR检测方法. 而整理的学习笔记,分享出来希望更多人受益,如果存在侵权请及时联系我们
本标准规定了转基因成分检测的数字 PCR 方法。
本标准适用于玉米、大豆、油菜、水稻、马铃薯、苜蓿、棉花等转基因植物及其产品的转基因成分数字
PCR 检测。
本标准所能达到的检测低限为0.1%(质量分数)。
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文
件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法
GB/T 19495.1 转基因产品检测 通用要求和定义
GB/T 19495.3 转基因产品检测 核酸提取纯化方法
GB/T 19495.7 转基因产品检测 抽样和制样方法
下列术语和定义适用于本文件。
3.1
18srRNA 基因 18srRNA gene
转录自18srDNA, 是细胞核糖体的组分之一。
3.2
CaMV35s 启动子基因 CaMV35s promotor
来自花椰菜花叶病毒(Cauliflower mosaic virus,CaMV)的35s 启动子。
3.3
NOS 终止子基因 NOS terminitor
来自胭脂碱合成酶基因 NOS 的终止子。
数字PCR 其技术原理是通过将原始PCR
反应体系进行分割，进而对所有小的反应体系进行扩增
并后续检测。通过对反应体系进行有限的分割，从而使整个反应体系可以更加耐受核酸抑制因子，并且
更加稳定、准确、快速地对痕量的转基因成分进行精准鉴定。
现阶段数字 PCR 的实现形式包括芯片式数字 PCR 与微滴式数字 PCR
两种。其中芯片式数字 PCR
通过微流控芯片实现对原始反应体系的分割，这种分割方式具有稳定性好、均一性好的优点，但是
这种分割方式的实验成本相对较高；微滴式数字PCR
平台通过产生微小油包水体系实现反应体系的分
GB/T 33526—2017
割。这种分割方式具有反应速度快，分割成本低的优点，但是相对来说，这种分割方法的稳定性较差，而
且对于数据分析的要求也相对较高。由于数字PCR 的平台差异，对不同数字 PCR
平台进行的数据协
同分析也成为了目前数字 PCR 检测方法发展的关键。
本标准针对通用筛选元件 CaMV35s 启动子和 NOS
终止子设计选取特异性引物和探针进行数字 PCR 扩增，并根据扩增结果来判定
CaMV 35s启动子和NOS 终止子的外源筛选元件成分。另外，通过
芯片式数字PCR 和微滴式数字 PCR
的协同比对，本标准方法可以在两种平台中达到同样的检测目的。
除非有特殊说明，仅使用分析纯试剂和符合GB/T 6682 规定的一级水。
推荐针对不同的样品基质类型选取不同的基因组提取试剂盒。
推荐按照不同的数字 PCR 平台的说明书选取其推荐的数字 PCR 反应试剂盒。
5.3 18srRNA 基因引物和探针
18s-F:5'-CCTGAGAAACGGCTACCAT-3'
18s-R:5'-CGTGTCAGGATTGGGTAAT-3'
18s-P:5'-VIC-TGCGCGCCTGCTGCCTTCCT-BHQ1-3'
5.4 CaMV35s 启动子基因引物和探针
p35s-F:5'- ATTGATGTGATATCTCCACTGACGT-3'
p35s-R:5'-CCTCTCCAAATGAAATGAACTTCCT-3'
p35s-P:5'-VIC-CCCACTATCCTTCGCAAGACCCTTCCT-BHQ1-3'
TNOS-F:5'-ATCGTTCAAACATTTGGCA-3'
TNOS-R:5'-ATTGCGGGACTCTAATCATA-3'
TNOS-P:5'-VIC-CATCGCAAGACCGGCAACAGG-BHQ1-3'
GB/T 33526—2017
6.9 不同量程移液器以及配套吸头如下：
a) 量程为20μL～200μL,10μL～100μL 和 2 μL～20μL
的移液器以及配套的200μL 吸头；
b) 量程为0.5μL～10μL 和0.1μL～2.5μL 的移液器以及配套的10μL 吸头。
按照GB/T 19495.1 和 GB/T 19495.7 的规定执行。
按照GB/T 19495.1 和 GB/T 19495.7 的规定执行。
按照GB/T 19495.1 和 GB/T 19495.3 的规定执行。
按照GB/T 19495.1和 GB/T 19495.3 的规定执行。
7.5.1.1 内标准基因数字 PCR 反应
每个试样内标准基因数字 PCR
反应设置3个平行。并按照表1的组分和终浓度配置数字 PCR 反
应体系。反应体系配置完成后，进行反应体系的分割，其中芯片法数字 PCR
通过微流控芯片实现本步 骤，微滴法数字 PCR
通过形成油包水结构实现体系的分割。该步骤按照不同数字 PCR 平台的说明书
进行操作。数字PCR 反应的有效分割体系数不得低于理论分割体系数的60%。
表 1 数字 PCR 反应体系
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|---|---|---|
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0.45 μmol/L |
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0.45 μmol/L | 0.09 μL |
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0.1 μmol/L | 0.02 μL |
| 50 ng/μL DNA模板 | 12.5 ng/μL |
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GB/T 33526—2017
体系分割完成后，进行数字 PCR 反应。荧光分析步骤采用 VIC
单荧光通道，反应程序如表2
所示。
表 2 数字 PCR 反应程序
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|---|---|---|---|
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2 min |
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5 min | ||
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95 ℃ | 15 s |
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60 ℃ | 1 min | |
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7.5.1.2 外源基因 p-35s与 T-NOS
基因数字 PCR 反应
每个试样外源基因数字 PCR
反应设置3个平行。外源基因扩增所用反应体系与反应程序与7.5.1.1
相同，扩增所使用的引物探针为5.4与5.5所述引物探针。
在试样数字 PCR 的同时，应设置阴性对照与空白对照。
以与试样相同种类的非转基因植物基因组 DNA
作为阴性对照；以水作为空白对照。
各对照 PCR 反应体系中，除模板外，其余组分及 PCR 反应条件与7.5.1相同。
根据数字 PCR
结果中扩增曲线的基线或者体系中阴性分割体系的终点荧光值设定荧光的阈值限。
阈值限需要对阴性和阳性扩增结果进行明显的区分。
阴性对照组只有内标准基因的扩增，空白对照组没有任何扩增现象，这表明数字
PCR 反应体系正
常工作，否则需要进行重新检测。
8.3.1 内标准基因得到了明显的扩增，并且外源 p-35s 或 NOS
基因的任何一个出现明显的扩增现象，
阳性扩增体系内扩增曲线形状良好或者其终点荧光信号值超过荧光阈值，这表明试样中检测出了p-35s
或 T-NOS 基因，表述为"试样中检测出了p-35s或 NOS
基因成分，检测结果为阳性"。
8.3.2 内标准基因得到了明显的扩增，且其扩增曲线形状良好并超过阈值限，而
p-35s或 T-NOS 基因
都没有得到扩增，扩增终点荧光信号值位于阈值限之下，这表明试样中未检测出
p-35s或 T-NOS 基因
GB/T 33526—2017
成分，表述为"试样中未检测出p-35s 或 T-NOS 基因成分，检测结果为阴性"。
8.3.3
内标准基因没有得到扩增，扩增终点荧光信号值位于阈值限之下，这表明试样中未检测对应植
物成分，结果表述为"试样未检出对应植物成分，检测结果为阴性"。
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